納木錯是第三紀末和第四紀初，喜馬拉雅山運動凹陷而形成的巨湖，後因西藏高原氣候漸趨乾燥，納木錯面積大為縮減。現存的古湖岩線有三道，最高一道距現在的湖面約80余米，可見當時的納木錯有多大。